2016年2月16日，从交通运输部近日召开的新闻发布会上获悉，鉴于长三角地区经济较为发达，相关水域港口船舶活动频繁，区域大气污染问题严峻等因素，自2016年4月1日起，该区域将率先实施减排，船舶在长三角水域排放控制区核心港口靠岸停泊期间，使用硫含量不高于0.5%m/m的燃油。
该方案主要分两个阶段实施：2016年4月1日起，要求船舶在核心港口靠岸停泊期间应使用硫含量不高于0.5%m/m的燃油，鼓励船舶在靠岸停泊期间使用硫含量不高于0.1%m/m的燃油，鼓励船舶进入排放控制区使用硫含量不高于0.5%m/m的燃油。在评估第一阶段措施实施效果后，适时启动第二阶段管控措施，包括船舶进入排放控制区应使用硫含量不高于0.5%m/m的燃油;在靠岸停泊期间应使用硫含量不高于0.1%m/m的燃油;船舶进入排放控制区应使用硫含量不高于0.1%m/m的燃油。
为控制我国船舶硫氧化物、氮氧化物和颗粒物排放，改善沿海和沿河区域特别是港口城市的环境空气质量，《珠三角、长三角、环渤海(京津冀)水域船舶排放控制区实施方案》已于2016年1月1日起实施。该方案设立了珠三角、长三角、环渤海(京津冀)水域船舶排放控制区，并确定11个港口区域作为排放控制区的核心港口区域。通过设立4个关键时间点，来推行分步实施减排计划。此前，上海市环保部门开展的大气污染源解析结果显示，长三角地区船舶污染占区域大气污染排放总量的8-10%。据测算，实施船舶排放控制区后，第一个阶段对PM2.5一次排放的减排率在10%左右，对硫氧化物的减排率在18%左右。第二个阶段对PM2.5的减排可达到60%以上，对硫氧化物的减排将达到近80%。
事实上，以燃油为主要动力，无法从根本上消除对水质、大气的污染。因此，方案的实施一方面将为航运企业带来运营成本增加、船舶改造等挑战;另一方面将为船舶生产商，清洁燃料的供应商及其相关产业链上的企业等提供更多的发展机遇。目前，清洁燃料船舶以LNG动力为主，LNG的硫含量极低，与传统柴油相比，可减少二氧化氮排放量80%，降低二氧化碳排放量25%，且对水体实现了零污染，因此综合经济效益更好。
“十三五”期间，中国将持续推进能源结构调整，大力提高清洁能源在一次能源消耗中的比例。亚化咨询认为，船舶排放控制区方案的实施将与国家清洁能源发展战略一同，助推LNG船舶产业快速发展。
